За останні два десятиліття проведено реконструкцію і ремонт приміщення музею. За цей час в музеї сформована цікава художня збірка, зібрана велика колекція декоративно-прикладного мистецтва. У 1991 році створена постійна експозиція відділу давньої історії Прилуччини.

У 1992 році музей першим серед музеїв України почав видавати історико-краєзнавчу газету "Скарбниця", яка користується популярністю не тільки у прилучан. Щорічно видається "Календар знаменних та пам‘ятних дат Прилуччини".

Музей має філіал, розміщений у будинку, де народився член підпільної молодіжної організації «Молода Гвардія» О.Кошовий, і в якому створено експозицію, яка розповідає про прилучан-учасників Великої Вітчизняної війни. Гідне місце в експозиції відведено і О.Кошовому. По матеріалах, зібраних науковими співробітниками музею телеканал українського телебачення «Тоніс» знімав сюжети для телепередачі «Голодомор 1933 року в Україні». Для найменших жителів міста на першому поверсі створено експозицію фауни Приудайського краю, у виставковій залі по декілька разів на рік експонуються виставки. Кожного року музей по підсумках роботи за рік є одним з лідерів серед музеїв області. Музей єдиний серед музеїв області проводить пошукову роботу по виявленню прилучан-учасників війни за місцем проживання мешканців міста. Результатом цієї роботи є видана „ Книга Пам‘яті” про воїнів – прилучан, які загинули на полях останньої війни. До 62-ї річниці визволення України від німецько-фашистських загарбників музей планує випустити «Книгу Слави», про прилучан, які повернулися живими з війни. Є впевненість в тому, що після капітального ремонту і побудови повно профільної експозиції краєзнавчий музей міста над Удаєм набуде слави одного з найкращих в Україні.